В годы гонений на Церковь о.Борис был арестован и приговорен к лишению свободы, который отбывал в северных лагерях

Заключение о.Борис отбывал вместе с игуменом Антонием (Лучкиным), уроженцем пог.Самолва Псковской губ., арестованным в 1928г. и приговоренным к трем годам концлагерей. Игумен Антоний в лагере спас ему жизнь. После отбытия срока заключения о.Борис был освобожден из лагеря