С 1949г. энергичный и вдохновенный ревнитель о вере православной, миссионер, талантливый педагог и воспитатель, о.Иоанн все силы и огромные знания отдает на обучение и воспитание будущих пастырей Церкви Христовой, он преподает сектоведение, расколоведение, каноническое право в ЛДА. В мае 1951г. защитил магистерскую диссертацию

До конца учебного 1970/71г. преподает Священное Писание Нового Завета, сектоведение расколоведение в МДА. Миссионерский такт о.Иоанна, его любвеобильное сердце, доброжелательность, большой педагогический опыт, широкий научный кругозор, обширное богословские знания и специально — в области раскола и сектоведения — все это создало ему высокий авторитет ученого богослова и доброго пастыря. Во всем своем делании о.Иоанн, как пастырь-миссионер, священнослужитель, ученый богослов, всемерно стремился послужить своим ближним, согреть всех христианской любовью, разделить с ними радость жизни в ограде церковной во имя вечного спасения души каждого христианина