В марте 1926г. ему было позволено вернуться в Ленинград, где он продолжил борьбу с обновленчеством

В сентябре 1926г. митрополит Сергий назначил его управляющим Новгородской епархией с титулом архиепископа Тихвинского, позже — Хутынского (епархиальный архиерей митрополит Арсений находился в ссылке в Средней Азии и не мог управлять епархией). Проживал в то время в квартире своего отца на Большой Дворянской, на Петроградской стороне. Служил обычно в деревянном Троице-Петровском соборе на Петроградской стороне (снесен в 1936 году)

Архиепископ Хутынский — с конца 1926г. С мая 1927г. — член Временного Патриаршего Священного Синода при Заместителе Патриаршего Местоблюстителя митрополите Сергии (Страгородском). Был одним из ближайших сотрудников митрополита (впоследствии Патриарха) Сергия до самой его кончины. Одним из требований к митрополиту Сергию (Страгородскому), высказанных в письме духовенства и мирян Ленинграда, настроенных против "Декларации 1927 года", которое было вручено митрополиту Сергию 12 декабря 1927 года, было: "Пересмотреть состав Временного Патриаршего Синода и удалить из него пререкаемых лиц, в особенности митрополита Серафима Тверского (Александрова) и архиепископа Алексия (Симанского)".
9 апреля 1930г. архиепископу Алексию было присвоено право ношения креста на клобуке

Проживал в Ленинграде без права выезда