4 мая 1944г. Патриарх Сергий (Страгородский) на приеме у председателя Совета по делам РПЦ Г.Г.Карпова поставил вопрос о назначении Фестинатова "в качестве епископа Владимирской и Ивановской епархии", и Карпов заявил, что "со стороны совета возражений нет".
14 июня 1944г. о.Сергий Фестинатов был определен, по пострижении его в монашество,
— епископом Владимирским и Суздальским, временно управляющим Ивановской епархией. 24 августа 1944г. в Крестовой Патриаршей церкви Патриаршим местоблюстителем митрополитом Алексием (Симанским) он был пострижен в монашество с именем Онисим

25 августа 1944г. в зале заседаний Священного Синода состоялось наречение иеромонаха Онисима во епископа Владимирского и Суздальского. 27 августа 1944г. он был хиротонисан во епископа Владимирского и Суздальского

Все 26 лет епископского служения владыка Онисим оставался на кафедре, на которую был поставлен. С 21 ноября 1944г. — член Предсоборного Совещания епископов. С 31 января по 4 февраля 1945г. — член Поместного Собора Русской Православной Церкви. Много усилий владыка Онисим приложил для поддержания в надлежащем состоянии древнего Успенского собора г.Владимира. В 1944–1945гг. на средства епархии был произведен ремонт Успенского собора, а в 1951–1954гг. — реставрационные работы, в ходе которых были частично подновлены и восстановлены фрески и иконы, отремонтированы крыша, стены, окна и система отопления. С 27 августа 1944г. по 24 июня 1946г., епископ Онисим, кроме того, также временно управлял Ивановской епархией