Архив УФСБ Владимирской обл. Д.П-8693. Во время следствия проходившие по делу содержались во Владимирской тюрьме. Архимандрит Паисий не скрывал своего отрицательного отношения к Советской власти, заявив:
    "Я ненавижу Советскую власть главным образом за то, что был недоволен
     закрытием церквей и монастрей и преследованиями служителей религиозного культа".
Он также на допросе показал:
    "Все участники подполья современную патриаршую церковь не признают потому,
     что последняя лояльно относится к советской власти. Во время богослужений
     священники этой церкви произносят "многие лета" руководителям советского
     государства. [Участники подполья] их церкви не посещают, за исключением тех
     церквей, где служат священники, разделяющие наши взгляды".
10 октября 1949г. о.Паисию было предъявлено обвинение по делу:
    "Будучи убежденным монархистом, являлся идейным руководителем антисоветского
     подполья церковников. Направлял его деятельность на подрыв мероприятий,
     проводимых советским правительством и на распространение монархических
     идей среди населения".
В обвинительном заключении также говорилось:
    "Обвиняемые по делу объединились на почве враждебности к советскому строю и
     группировали вокруг себя церковный и бродячий элемент, совместно с которыми
     на протяжении ряда лет вели борьбу против советской власти.
     Под видом религиозных убеждений распространяли антисоветские клеветнические
     измышления и тем самым дискредитировали мероприятия, проводимые Советской
     властью".
13 февраля 1950г. подсудимые были приговорены: к 10 годам тюремного заключения — 8 человек, и среди них — игумен Паисий (Рожнов), монах Геннадий (Молостов) и иеромонах Филарет (Русаков). К 8 годам ИТЛ — 6 человек, к 5 годам — 3 человека, освобожден — один человек