Накануне ареста ему был прислан указ Всеукраинского Высшего Церковного Управления (ВУВЦУ) — высшего руководящего органа обновленческого движения от 3 апреля 1923г.:
     "Согласно постановлению Президиума ВУВЦУ от 15 января 1923г. Вы, за
      непризнание ВУВЦУ, противодействие церковно-обновленческому движению и
      церковную контрреволюцию, уволены на покой. При этом ВУВЦУ предупреждает
      Вас, что оно снимает перед гражданской властью всякую ответственность за
      дальнейшую Вашу деятельность.
             Председатель ВУВЦУ митрополит Тихомир".
В ночь со среды на четверг на Страстной седмице 1923г. как архиерей, не признавший ни самосвятской Украинской церкви, ни обновленческого ВЦУ, епископ Василий был арестован вместе с архиепископом Михаилом (Ермаковым) и епископом Димитрием (Вербицким). Перевезен в Москву в Бутырскую тюрьму