В 1942г. Орловским Епархиальным Управлением о.Флегонт был назначен священником к Крестительской кладбищенской церкви г.Орла, вновь открытой после закрытия в 1930г. Кроме главного престола во имя св.Иоанна Предтечи, церковь имела приделы во имя иконы "Всех скорбящих Радость" и Казанской иконы Божией Матери. В это время территория города и его окрестностей была оккупирована немцами. О.Флегонт служил здесь до освобождения Орла от немецких захватчиков в 1943г.