В 1924г. Владыка приехал в Москву, где вместе с группой епископов, в числе которых был архиепископ Феодор (Поздеевский), подвергся аресту органами ГПУ и был посажен в Бутырскую тюрьму. Просидев там две недели, Владыка был выпущен. 12 апреля 1925г. епископ Николай был свидетелем и участником торжественного погребения в Донском монастыре Патриарха Московского и всея России Тихона. 11 апреля 1925г. обновленческий "синод" выступил по поводу кончины Святейшего Патриарха с призывом к "воссоединению" Церкви, которое должно было состояться, по их планам, на "Поместном соборе Православной Церкви в СССР" в октябре 1925г. Епископ Николай, следуя примеру непримиримых к раскольникам архиереев, сделал предписание настоятелям и церковным советам не входить в переговоры с обновленцами. Положение в Тульской епархии было тяжелое, большинство храмов захватили обновленцы, епархиальное управление принимало все меры для привлечения православных к участию в съезде и "соборе", но епископ Николай твердо держался непримиримой позиции, результатом чего стал его арест в мае 1925г.