Был арестован и заключен в тюрьму. Во время нахождения о.Николая в тюрьме прихожане селений Пасынкова, Никифоровской, Перемерок, Иенева, Кольцова выступали в защиту своего пастыря. Они написали заявление властям, в котором писали: "Священник Николай Васильевич Лебедев во время своего 35-летнего служения в нашем приходе проявил себя с хорошей стороны. Он никогда не был корыстолюбив. Никогда не назначал определенной платы за требы, а удовлетворялся тем, что дают ему, и не требовал от тех, кто не давал ничего. Всегда был добр и отзывчив к чужому горю. Во время своей 35-летней пастырской деятельности он проявил себя как общественный деятель; борясь с грубостью, хулиганством и пьянством. закрыл существовавшие у нас кабаки, открыл вместо них 2-е школы, устраивал чайные с читальнями, литературными чтениями и туманными картинами. Открыл Общество трезвости, спасая людей от погибели и разврата. Те средства, которые получал от трезвенников, он не брал себе, а вкладывал их на другое полезное общественное дело: детский приют, основанный им на 40 человек беспризорных детей, детей алкоголиков и беднейшего населения... Кроме того, он организовал кредитное товарищество, обслуживающее 33 деревни, распространяющее семена, земледельческие орудия, плодовые деревья, привлекая население к ведению культурного хозяйства. Всю свою жизнь в нашем приходе он отдавал всего себя народу, борясь с грубостью, невежеством, темнотой, пьянством и хулиганством".
Власти не ответили на ходатайство об освобождении о.Николая