Только 10 дней провел о.Николай в Медведевском

Уже 23 февраля 1920г. о.Николай решением Троицкого Исполкома был вновь арестован и препровожден в Челябинскую ЧК с просьбой от Исполкома "не отпускать его до суда, т.к. он со своим сыном Александром производил совместно агитацию среди населения, и по их инициативе казаки вооружались против большевиков, за что Александр Малышев был расстрелян в Челябинске, и он [о.Николай] может нанести вред своими проповедями в настоящее время"

Около 28 февраля 1920г. приговорен к 1 году принудительных работ по обвинению в агитации против Советской власти, согласно заявлениям членов Медведевского Исполкома и отправлен в Челябинский концлагерь. Вот как писал об этом сам о.Николай позже, 6 апреля 1920г., уже из Челябинского концлагеря, в своем заявлении:
    "Только уже здесь [в Челябинске] при допросе меня следователем Пашниным
     я узнал, что на меня поданы заявления самими же членами Троицкого Исполкома,
     и на основании их я арестован. Все прочитанные мне следователем заявления были
     ложными.
     Следователь Пашнин дал мне слово, что завтра же выпустит меня на свободу,
     но вместо этого я был отправлен в место заключения, и уже через 4 дня
     состоялось постановление Челябинской Чрезвычайной Комиссии о заключении меня на год
     на принудительные работы"

На этот раз он содержался в Челябинском концлагере. О.Николай подавал заявление о пересмотре дела 12 марта 1920г. но не получил ответа. Постановлением Челябинской ГубЧК от 26 марта 1920г. дело должно было быть передано "по месту жительства в Троицкую уездную ЧК", но нового решения по участи о.Николая не последовало. О.Николай оставался в Челябинском концлагере. 6 апреля 1920г. из Челябинского концлагеря он подавал заявление в ЧК, но безрезультатно. Дочь священника обратилась к односельчанам с просьбой помочь с освобождением отца. В селе дружно откликнулись. Из протокола собрания жителей пос.Медведевский от 20 мая 1920г.:
    "Николай Малышев проживает в нашем обществе 28 лет, все свои силы и старания
     положил на служение во благо народа, службу исполнял с благолепием, поучал
     народ всегда доброму, к нуждам нашим, как духовным, так гражданским,
     относился с отеческой заботливостью, помогал неимущим, как мог.
     С 1917г. священник Малышев всегда с кафедры и на собраниях призывал нас
     не проливать братской крови, а устраивать жизнь мирным путем, идя рука
     об руку, с братской любовью. Других выступлений с его стороны не знаем.
     Жители пос.Медведевский единогласно постановили ходатайствовать
     перед надлежащим учреждением и покорнейше просим освободить старика Малышева,
     дабы он имел возможность пожить на старости лет в среде своей семьи.
     Это есть просьба народа к нашей советской власти, которая не карает, а милует.
                                                            Всего 86 подписей"