В процессе следствия было предъявлено обвинение в том, что Ипатов Н.Е. "вел среди населения антисоветскую агитацию (по хлебозаготовкам, колхозам и проч.). В момент, когда был подожжен на почве классовой борьбы в г.Мосальске сарай с сеном, принадлежащего государственным органам, он саботировал возку воды, даже не выехал на тушение пожара, несмотря на то, что это было его непосредственной обязанностью".
В предъявленном обвинении виновным себя не признал, показав, что "агитации не вел, в организацию не входил, до революции являлся владельцем имения в 525 десятин земли, и никакой работы против советской власти и ее мероприятий не вел"