В конце 1925 — начале 1926г. епископ Павел был сослан (переехал?) в г.Покровск (Энгельс), который принадлежал к Уральской епархии, а в административном отношении подчинялся Саратову. Отсюда владыка фактически некоторое время управлял уже всей епархией Приходы, за редкими исключениями, бедные, доставляли скудное содержание, так что, живя в Покровске, епископ Павел очень сильно голодал

По данным [5] до ареста епископ проживал на родине в с.Федоровка Ставропольского района

Весной 1936г., будучи больным, он поселился в Казани у старшей дочери — инвалида труда. У верующих пользовался почетом и уважением. Он был уже тяжело болен и не служил, но посещал казанские храмы, переписывался с духовными детьми, в письмах он упоминал, что ездит на трамвае. До самой смерти епископ Павел, не имея официальной должности, окормлял верующих Покровского и Пугачевского викариатств, а также Куйбышевской епархии, которая в конце 1930-х гг. оказалась без главы. В 1936г. своим устным распоряжением митрополит Сергий (Страгородский) назначил владыку Павла временно управляющим Куйбышевской епархией, эти обязанности он исполнял до осени 1939г. В Казани же в 1936г. еще действовали пять "сергиевских" храмов и действовало епархиальное управление. Но в течение 1937г. все храмы, кроме церкви Ярославских Чудотворцев на Арском кладбище и расположенного недалеко от нее деревянного храма Серафима Саровского, были закрыты. В декабре 1937г. был арестован последний правящий архиепископ Никон (Пурлевский), и владыка Павел (Флеринский) остался единственным проживавшим в Казанской епархии на свободе архиереем. Он продолжал переписываться с духовными детьми, и продолжал, в той мере, в какой это было возможно, исполнять архипастырские обязанности. Он не назначал и не рукополагал священников, не освящал антиминсы, не служил праздничных служб, но утешал верующих в их скорбях. В начале 1938г. закрылась и была снесена и деревянная церковь Серафима Саровского, и после этого владыка Павел посещал только церковь Ярославских Чудотворцев. У него уже развивалась тяжелая болезнь сердца. В письмах духовным детям он так измерял состояние своего здоровья:
   "Когда соберусь в церковь и иду к трамваю, отдыхаю у каждого телеграфного столба".
   "Чувствую себя лучше, отдыхаю через один, а то и через два столба". Если не мог поехать в храм, молился дома до 12 часов, затем писал письма и только после этого подкреплялся пищей. Потом он отдыхал до 4-х часов, а вечером служил дома всенощную. По воспоминаниям очевидцев, молился он со слезами, особенно если думал, что его никто не слышит. Летом все свободное время он проводил в садике за чтением Добротолюбия и других святоотеческих книг или за своими помянниками. В его помянниках было записано так много людей, что из-за них владыка, как бы рано ни вставал, не мог попасть в церковь к ранней литургии — едва до поздней успевал прочитать их. Там же, в садике, он принимал посетителей. Как и раньше, он писал своим близким поучительные, содержательные письма. В тот период, когда почти нигде не было епископов и верующие были предоставлены сами себе, его слово приобретало громадное значение. Больной, не занимая никакого официального поста, он в большой степени направлял духовную жизнь Казани, Куйбышева и некоторых других городов, не давая верующим уклоняться от правильного пути. К нему обращались с недоуменными вопросами, и он, не присваивая себе административных функций, давал советы, с которыми верующие очень считались. Об этой его деятельности знал и митрополит Сергий (Страгородский), высоко его ценивший, который говорил ему:
     "Чтобы управлять, не обязательно быть штатным"