Служение
Великолукская епархия 
епископ 
Должность временно управляющий епархией 
Год начала 1935 
День начала 27 
Месяц начала 5 
Год окончания 1935 
День окончания 24 
Месяц окончания 6 
После возвращения из ссылки был назначен епископом Великолукским и Торопецким
и поселился в г.Торопце Тверской области.
Часто служил в храмах и произносил проповеди.
Принимал активное участие в открытии закрытых церквей г.Торопца.
Активно противостоял обновленчеству
Великолукская епархия 
епископ 
Должность епископ Великолукский и Торопецкий 
Год начала 1935 
День начала 24 
Месяц начала 6 
Год окончания 1936 
Месяц окончания 1 
Калининская епархия 
епископ 
Должность епископ Осташковский, викарий Калининской епархии 
Год начала 1936 
Месяц начала 1 
Год окончания 1937 
В январе 1936г. назначен епископом Осташковским, викарием Калининской епархии.
Однако продолжал жить в Торопце

Места проживания
Калининская (Тверская) о., г.Торопец, ул.Малая Новинка, 11 
Год начала 1935 
Год окончания 1937 
День окончания 22 
Месяц окончания 7 
В Торопец прибыл после отбытия наказания в 1935г.
Аресты
Калининская (Тверская) о., г.Торопец 
Год ареста 1937 
День ареста 22 
Месяц ареста 7 
Обвинение при аресте "будучи контрреволюционно настроен, систематически ведет контрреволюционную агитацию против советской власти, объединяя под свое влияние ряд лиц из духовенства" 

Осуждения
тройка при УНКВД по Калининской обл. 
31/08/1937 
Обвинение "вел активную контрреволюционную агитацию против мероприятий соввласти и распространял провокационные слухи контрреволюционного характера" 
Статья ст.58–10,58–11 УК РСФСР 
Приговор=высшая мера наказания — расстрел 
Основные преступления, в которых обвинялся владыка Иоанн, были изложены в обвинительном
заключении:
    "Следствием установлено, что Троянский Иван Ефимович враждебно настроен
     по отношению к советской власти, систематически проводил контрреволюционную
     агитацию, направленную против мероприятий советской власти.
     Организовал у себя на дому нелегальную церковь, где дважды каждый день проводится
     служба с присутствием населения.
     Ходя по церквям своей епархии, произносит к/р проповеди.
     С целью вербовки населения детского возраста в церковь систематически
     находясь в той или иной церкви, раздавал детям конфеты и печенье.
     Произносил проповеди вне стен церкви, возглавляет реакционно-настроенное
     духовенство, с которым вместе занимается контрреволюционной агитацией".

Обвинительное заключение было составлено на основе одного допроса обвиняемого,
который действительно признался, что "давал детям конфеты, потому что детей ему
было жалко". Признал, что "действительно регулярно посещал, как правящий епископ,
поочередно церкви своей епархии". Что "действительно на своей квартире проводил
чтение вечерних и утренних молитв", что "иногда на чтение молитв приходил кто-нибудь из
соседей".

Из протокола допроса:

    "— Ваши взгляды на обновленчество?

     — По каноническим правилам обновленчество это еретиканство.
       Обновленчество возникло давно, оно борется за введение новшеств в жизнь
       духовенства, безусловно Православная Церковь с обновленчеством борется.

     — Ваше личное влияние на обновленчество?

     — Личного влияния на обновленчество мною не проявлялось, тем не менее
       за последнее время по Велико-Лукской епархии прибавилось 4 церкви
       тихоновской ориентации за счет обновленчества".

Каких-либо показаний о своей "контрреволюционной деятельности" владыка Иоанн
не дал и два привлеченных свидетеля из бывших священников-обновленцев никаких
точно примеров контрреволюционной деятельности архиерея привести внятно не смогли,
несмотря на это тройка вынесла самое суровое решение — расстрел
Места заключения
Калининская (Тверская) о., г.Торопец, городская тюрьма 
Год начала 1937 
День начала 22 
Месяц начала 7 
Год окончания 1937 
День окончания 4 
Месяц окончания 9 
Во время следствия содержался в Торопецкой городской тюрьме