Служение
Новгородская епархия 
епископ 
Должность епископ Старорусский, викарий Hовгородской епархии 
Год начала 1927 
Год окончания 1931 
Месяц окончания 4 
39 августа 1930г. епископ Иоанникий был назначен управляющим Вятской епархией
с сохранением титула "епископ Старорусский", но с передачей старорусского
викариатства другому архиерею.
От этого назначения епископ Иоанникий отказался, желая остаться в Старой Руссе.
С его слов, видел в этом назначении интриги против него.
На прошение об отказе принять кафедру епископу Иоанникию было предписано
выехать в 2-х недельный срок и доложить о прибытии в Патриархию.
В ответ на это предписание епископ Иоанникий попросил уволить его на покой, что
и было сделано "с нахождением такого настроения Епископа не к созиданию Церкви
Божией" [Д1]
Орловская епархия 
епископ 
Должность епископ Орловский 
Год начала 1931 
День начала 29 
Месяц начала 4 
Год окончания 1931 
День окончания 31 
Месяц окончания 12 
29 апреля 1931г. епископ Иоанникий был назначен епископом Орловским.
Епископ опять выразил отказ от назначения, за что предполагалось подвергнуть
его прещению в служении.
Однако, согласно решению консилиума врачей о необходимости его лечения
в Старой Руссе и личному прошению, епископ был освобожден от назначения
на Орловскую кафедру
Новгородская о., г.Старая Русса, Георгиевская церковь 
епископ 
Год начала 1931 
Епископу было предоставлено право служения только в одной старорусской Георгиевской церкви.
Для решения этого вопроса епископ Иоанникий ездил в Москву в Патриархию
Новгородская о., г.Старая Русса, собор 
епископ 
Год окончания 1934 
В дальнейшем, согласно ходатайствам, служил и в других церквах города и в соборе
Согласно автобиографии епископа Иоанникия, управляющий Новгородской епархией
Хутынский архиепископ Алексий (Симанский, впоследствии Патриарх Московский и
Всея Руси Алексий I) требовал его перевода со Старорусской кафедры, не желая
иметь его викарием из-за неисправности по службе, самонадеянности и стремлении
к самостоятельности, чего сам епископ Иоанникий за собой не замечал.
Решение этого вопроса было прервано из-за ареста епископа в 1934г.

Аресты
Новгородская о., г.Старая Русса 
Год ареста 1934 
День ареста 18 
Месяц ареста 2 
Был арестован в Старой Руссе.
После допросов был переведен в ДПЗ Ленинграда
Осуждения
тройка при ПП ОГПУ СССР по Ленинградской обл. 
28/02/1934 
Приговор=5 лет концлагерей 

Места заключения
Новгородская о., тюрьма 
Год начала 1934 
День начала 18 
Месяц начала 2 
Год окончания 1934 
Ленинград, Санкт-Петербург, ДПЗ 
Год начала 1934 
Год окончания 1934 
Приговорен к 5 годам ИТЛДмитлаг 
Год начала 1934 
Год окончания 1935 
День окончания 6 
Месяц окончания 5 
Находился в Дмитровском ИТЛ на строительстве канала Москва-ВолгаУхтпечлаг 
Год начала 1935 
День начала 6 
Месяц начала 5 
Год окончания 1939 
День окончания 18 
Месяц окончания 2 
С 6 мая 1935г. отбывал заключение в Ухтинско-Печорском ИТЛ.
18 февраля 1939г., по окончании срока заключения, епископ получил разрешение
поселиться в Ленинградской области. Он выбрал г.Валдай.
Однако из-за болезни он пробыл в больнице Ухтпечлага до 9 июля 1939г.