В том же году женился на своей ровеснице Параскеве Петровне, а через два года, по приглашению старшего брата, священника Петра Алексеевича Фавстрицкого, они переехали в Сибирь, и епископ Омский и Семипалатинский Гавриил (Голосов), взял Ивана Алексеевича на службу в Омскую епархию, где он и принял священство

11 января 1909г. в семье родился первенец — Михаил, 21 декабря 1911г. — второй сын, Петр, названный в честь старшего брата о.Иоанна — священника Петра, в 1914г.
— дочь Руфина, а в 1926г. самый младший сын Женя. После революции о.Иоанн стремился перейти в Барнаульскую епархию, ближе к братьям.
  " — Что бы ни случилось, Фавстрицкие дожны быть вместе", — часто говорил о.Иоанн. В конце 1926г. перевод состоялся

О.Иоанн был опасным человеком для советской власти. Жители села шли к батюшке за разъяснениями, что же творится на белом свете, почему бедным людям стало невозможно жить в "бедняцком" государстве. Он объяснял людям положение в стране, для чего нужны колхозы, и почему камнем преткновения стала в первую очередь Церковь. Хотя в рясе ходить стало опасно, о.Иоанн никогда ее не снимал. Матушка просила его хотя бы немного подстричь волосы и бороду, но он не слушал ее, ходил с развевающейся гривой волос. В 1930г. старшие дети — Михаил и Петр переехали в Барнаул. Мальчики устроились работать на ТЭЦ Меланжевого комбината, а Руфина на ткацкую фабрику. Все вместе они снимали комнату в частном доме, помогали отцу деньгами, поскольку на церковь легли непомерные налоги

В 1935г. батюшка Иоанн был в первый раз заключен в тюрьму на 6 месяцев за неуплату налогов

19 августа 1937г. о.Иоанн был вновь арестован

Ни на одном из четырех допросов о.Иоанн не признал себя виновным. Из обвинительного заключения от 16 октября 1937г.:
   "В июле 1937г. на колхозном собрании Фавстрицкий выступил с призывом ходить
  в церковь, внушал присутствующим религиозные предрассудки.
    В марте 1937г. Фавстрицкий организовал группу активных церковников, не спрашивая
  разрешения с/с, послал их по сбору средств на ремонт церкви и ее содержание.
    В момент ареста у Фавстрицкого обнаружено к/р воззвание с призывом ходить в
  церковь и с клеветой на социалистическое общество.
    После закрытия церкви Фавстрицкий организовал крещение детей в квартире в
  антисанитарных условиях.
    В декабре 1936г. Фавстрицкий собрал в церковной сторожке активных церковников
  и приказал им собирать подписи за открытие церкви".
12 ноября 1937г. поступил донос на сыновей о.Иоанна — Петра и Михаила. 13 ноября оба брата были арестованы, проходили по одному делу и были расстреляны 9 декабря 1937г., через две недели после расстрела отца. Через неделю после них был расстрелян брат о.Иоанна и дядя Михаила и Петра — о.Василий. Его расстреляли 17 декабря 1937г.