В 1926г. владыка Иннокентий даже вернулся на Витебскую кафедру, но в начале 1927г. он был назначен архиепископом Астраханским

Однако получить разрешение на въезд в Астрахань не получилось, из-за чего владыка был вынужден остановиться в Ставрополе. Но и отсюда, лишенный возможности лично окормлять свою паству, архиепископ Иннокентий управлял Астраханской епархией через своего викария, епископа Енотаевского Стефана (Гнедовского)

Здоровье владыки все ухудшалось, отеки увеличивались. Приблизительно в ноябре 1927г., по дороге в церковь у владыки лопнула на ноге вена. По милости Божией, он проходил мимо дома своих духовных чад, куда с трудом поднялся, чтобы лечь, и больше не вставал. Оттуда написал о своей болезни митрополиту Сергию (Страгородскому) и, благодаря его хлопотам и содействию, в конце 1927г. был вызван в Москву и положен в клинику Первого мединститута, на Пироговской улице