Приехав в Малую Вишеру, получив паспорт и встав на учет, о.Афиноген с помощью знакомых нашел себе комнату и "стал жить, как и прочие граждане нашей страны". Старцу приходилось то работать сторожем, то заниматься пошивочным ремеслом. Наиболее тяжко переживал о.Афиноген в это период жизни то, что не было никакой возможности предстоять Престолу Божию: он не служил в церкви со дня ареста в течение целых 9 лет. Прожил он в Малой Вишере до самой войны с Германией