Арестованных монахов привезли в Ленинград и заключили в известную наиболее жестокими порядками тюрьму "Кресты". Монастырь и подворье были осквернены

Работал на строительстве Беломорканала. О.Афиноген, трудясь в совершенно нечеловеческих условиях, выжил тогда лишь по милости Божией, по сути — чудом. Особенно страдал о.Афиноген тогда от голода. Случалось, что по три дня подряд не получал своей пайки хлеба, поскольку не вырабатывал дневную норму. Однажды о.Афиногену пришла посылка и ее присвоил конвоир. Уголовники, знав о посылке стали требовать ее от о.Афиногена и не поверив, что ее нет жестоко избили о.Афиногена. Так, по попущению Божию, терпел он холод, голод и побои, полагаясь во всем на волю Господню и надеясь лишь на Его милосердие. Спустя некоторое время жизнь в лагере сделалась для старца немного легче: в лагере появился еще один иеромонах. Теперь иноки могли духовно укреплять друг друга, а главное, исповедоваться. Покрывая голову листом лопуха вместо епитрахили, иноки взаимно, по-братски, отпускали грехи. В лагере вместо положенных по приговору трех лет о.Афиноген пробыл два года — он был освобожден досрочно. Ему определили местом жительства г.Малая Вишера По данным [2] был освобожден в 1935г.