Схимник Алексий был арестован 11 мая 1932г. органами ГПУ, проходил по делу настоятеля Свято-Троицкого Ионинского монастыря Иова (Пругло) и других иноков этой обители, с которой о.Алексий поддерживал связь. Содержался в ДОПРе