По возвращении из ссылки тайно поселилась вместе с монахини Антонией (Якимовой) у Лобовых, бывших благодетелей Аносиной пустыни. Молились в храмах Свт.Георгия Неокесарийского и Воскресения в Кадашах, где тогда служил и жил при церкви владыка Мануил (Лемешевский)

Весной переехала с монахиней Антонией (Якимовой) на дачу Лобовых. Ходили в мирских одеждах, чтобы не вызывать подозрений. Во время войны немцы, отступая от Москвы, сожгли дачу. Матушек приютила вдова лесничего, дочь священника Мария Евграфовна. Наступило голодное время. Матушка Антония ходила по деревням, собирая милостыню. Незадолго до смерти матушку Алипию парализовало, потом немного отошло, она могла передвигаться с палочкой. Видимо перед смертию матушка Алипия была пострижена в схиму с именем Евгения