17 января 1923г. игумен Герман почил о Господе блаженной и тихой кончиной. Осенью в конце сентября того же года обитель была закрыта, и смиренные насельники ее должны были искать приюта — кому где придется. Агафон, захватив с собой часть наиболее дорогих книг и икон и кое-что еще, по благословению старца иеросхимонаха Алексия переехал на жительство в Москву, поселившись в маленькой комнатке на Троицкой улице

В церковь и обратно на Троицкую улицу ходил пешком, не имея средств на трамвай. Но уже через месяц Агафон вместе с другими братиями Зосимовой Пустыни, оказавшимися в Москве, был приглашен владыкой Варфоломеем — духовным сыном батюшки о.Германа, в Высокопетровский монастырь