Продолжал служить на приходе в Измайлове. Много проповедовал, пользовался любовью прихожан. У органов советской власти находился на плохом счету, в том числе из-за нежелания сотрудничать с ними. В его жизнеописании говорится, что от молодого священника потребовали "уступок невозможных", и "когда обстановка вокруг него накалилась особенно", он обратился за советом к Патриарху Алексию I, который морально его поддержал.
    "Святейший Патриарх Алексий I на мой вопрос, как поступать, когда внешние
     и внутренние смутьяны требуют хождения вослед их, ответил:
        — Дорогой батюшка! Что дал я вам, когда рукополагал?
        — Служебник.
        — Так вот. Все, что там написано, исполняйте, а все, что затем находит,
          терпите"".

В 1946г. о.Иоанн был ризничим в возрожденной Троице-Сергиевой Лавре, но через полгода продолжил служение в измайловском храме