14 февраля 1958г. был назначен настоятелем в Пименовский храм Москвы. В течение 17 лет о.Борис умело руководил приходом, снискав любовь и уважение прихожан. Протоиерей Борис был умелым организатором, деятельным и энергичным священником. Он быстро приобрел авторитет у прихожан. При нем местное калориферное отопление Пименовского храма было заменено центральным. Был отремонтирован белокаменный пол храма, разбитый во многих местах. Была устроена принудительная вентиляция и отремонтирована кровля. Под храмом и рядом с ним оборудованы складские помещения для церковной утвари. Храм был огражден с западной и южной стороны. Были проделаны и другие работы. Вторым священником храма был приглашен о.Николай Рафальский, сослужитель о.Бориса по храму в Марьиной Роще. Протоиерей Борис настоятельствовал в окружении одаренных священнослужителей, среди которых были протоиерей Алексий Зотов, сменивший в 1961г. ушедшего на покой о.Николая Рафальского, протодиакон о.Сергий Громов, иеромонах Хризостом (1968–1969). Как бывший регент, о.Борис большое внимание уделял хору, который при нем достиг большого совершенства, благодаря приглашенным им регентам: Орлову Сергею Николаевичу, затем Локтеву Василию Васильевичу. Исполнялись хором и его собственные сочинения. Тропарь прп.Пимену в его композиции надолго останется памятью об этом ревностном служителе Божием. В конце сентября 1975г. вследствие кровоизлияния в мозг, о.Борис был парализован