Находясь на покое, о.Исидор в пос.Новые Петушки продолжал окормлять своих духовных детей (среди них — профессор МДА протоиерей Александр Ветелев). Совершал тайные постриги. Из-за прогрессирующих болезней (гипертония и водянка) о.Исидор в начале 1950-х годов лишился возможности посещать храм и очень страдал от невозможности служить Божественную Литургию и присутствовать на ней