Вместе с ранеными доставлен в лагерь военнопленных в город Жирардов. Через неделю вместе с 13 тысячами польских военнопленных перемещен в лагерь города Скорнивицы. Затем — в другой лагерь — в городе Калиши. В лагере о.Феодор духовно окормлял православных военнопленных. О.Феодор заболел в лагере и был освобожден под надзор гестапо. Освободившись из лагеря, о.Феодор приехал в Варшаву. Митрополитом Варшавским Дионисием (Валединским) о.Феодор из Варшавы был направлен на место прежнего служения, в Литву в с.Станиславово