В 1924–1926гг. женился на своей односельчанке Марии Евгеньевне (урожденной Шемеряниной) 1906г.р. В семье выросло шестеро детей: Василий, Николай, Евгений, Александр, Клавдия, Антонина (1945г.р.). Семен Федорович был глубоко верующим человеком. Отец Семена Щекочихина Федор Щекочихин — являлся "крепким", хозяйственным крестьянином, имел собственную колбасную мастерскую. Сыновья, в том числе Семен Федорович помогали ему вести дело. В 1930-е годы Федор Семенович был "раскулачен", у семьи были отобраны дом и все хозяйство. Семен Федорович Щекочихин как сын раскулаченного тогда же был признан "социально-опасным элементом"