Первое дело против епископа Пимена было начато в июне 1918г., так как Владыка, как и вся Православная Русская Церковь не могли принять декретов власти, направленных на Ее уничтожение. Это была, по мнению властей, явная контрреволюция. Позиция епископа, которая являлась продолжением решений Поместного Собора, вторично предписывает Ревтрибуналу начать очередное следствие против Владыки: "Усматривая в действиях епископа Пимена противодействие декретам и подрыв авторитета советской власти, единогласно постановили: Все материалы обвинения передать Следственной комиссии при Революционном Трибунале для привлечения епископа Пимена к ответственности по обвинению в противостоянии декретам советской власти". Несмотря на явно грозившую ему опасность, епископ Пимен продолжал делать дело, которое приписывал ему архипастырский долг. Вслед за Патриархом Тихоном и своим духовным наставником Пермским епископом Андроником он разоблачал демагогию и казуистику большевистских воззваний, призывал к противостоянию безбожной власти. Впоследствии его речи будут охарактеризованы как "контрреволюционные речи с амвона". 26 июня 1918г. он открывает очередной съезд Семиреченского духовенства, на котором в соответствии с постановлениями Поместного Собора архипастырь призвал народ к сплочению и единению на приходах, к радикальному обновлению приходской жизни