Весной 1945г., когда советские войска освободили Прагу, Владыка Сергий вместе с архимандритом Исаакием отслужили в честь окончания войны благодарственный молебен. Вместе с владыкой Сергием (Королевым) и русским Пражским приходом архимандрит Исаакий был принят в юрисдикцию Московской Патриархии (по данным [2] — в 1946г.) Тогда же, в мае 1945г. в Праге начались аресты русских эмигрантов. Архимандрит Исаакий был арестован отделом контрразведки "Смерш" 24 мая (по данным [Зв1] — 26 мая) 1945г. 20 июля 1945г. он был этапирован из Праги в Львовскую тюрьму