В Москве архимандрита Исаакия тепло принял Святейший Патриарх Алексий I, который направил его в Троице-Сергиеву Лавру с намерением оставить там преподавателем. Более трех месяцев о.Исаакий был насельником Лавры, но в прописке бывшему белогвардейскому офицеру, жившему за границей 25 лет, отказали. Встретившись вновь со Святейшим Патриархом, он получил назначение в г.Елец Святейший благословил о.Исаакия нательной иконкой Божией Матери, с которой он не расставался до самой смерти и вручил ему посох. Архимандриту или игумену посох дается, когда он управляет монастырем. Для о.Исаакия, не руководившего монастырем, посох был Патриаршей наградой, означавшей высокую оценку его пастырских заслуг и дарований, при невозможности, как выяснилось впоследствии, рукоположить его в сан епископа из-за противодействия этому Советской власти. Получив в Воронеже благословение Владыки митрополита Иосифа, архимандрит Исаакий прибыл в Елец 5 апреля 1958г.

Архимандрит Исаакий прослужил в Ельце 23 года — до самой кончины. Он был пастырем высокой духовной жизни и человеком большой эрудиции, прекрасным проповедником, усердным молитвенником и добрым духовным отцом и наставником. В нем сочеталось несколько священнических призваний, подкрепленных практической деятельностью, что привело его к призванию редчайшему, в котором смыкаются и дарования свыше и жизненные заслуги — к старчеству. "Орел духовный" — так называли его духовные чада и прихожане. Прихожане Вознесенского собора очень полюбили о.Исаакия. Его ласково называли "наш батюшка", "наше золотце". Два крыла распростирал отец архимандрит над ними — слово и дело. Его синодик о живых и почивших был очень велик, он включал имена всех тех, с кем пришлось ему встретиться на его жизненном пути, всех тех, за кого его просили молиться. О.Исаакий вмещал в свою любящую душу все скорби своих многочисленных духовных чад, принимал на себя их тяготы, просил у Господа прощения их грехов, молился о помощи им от Бога. К батюшке не иссякал поток духовно немощных, обиженных судьбой, слабых: все они нуждались в его любви, утешении, мудрости, в простом ободрении, а главное — в его молитвах. Сила молитв архимандрита Исаакия, этого Божия старца, была велика, и пасомые это чувствовали. Свою духовную силу он черпал в молитве — церковной и келейной. Окружающие старца Исаакия воспринимали силу его молитв как нечто само собой разумеющееся. Из воспоминаний А.В.Окуневой:
     "С переездом отца Исаакия в Елец моя доверительная переписка с ним продолжалась.
      С 1963 по 1980 год встречи наши были ежегодными. Я жила и работала в Сибири,
      но мои пути во время командировок и отпуска всегда пролегали через Елец...
      Отец Исаакий встречал меня с тихой радостью, всегда улыбался, разводил
      руками, благословлял,... и проходили все страхи, отступали неприятности,
      обиды... А вечером я готовилась к исповеди. Целью моей поездки была
      встреча, исповедь, причастие, общение... Никто и никогда так меня не
      исповедовал, как отец Исаакий. Через много лет после смерти моего духовника
      я поняла: умение исповедовать — это великий дар Божий.
      Всегда на исповеди создавалось впечатление, что ты очень медленно продвигаешься
      по густому лесу без тропинки, перелезаешь через буреломы, чтобы достичь одной
      цели: выйти из этого темного леса на солнечную поляну. А отец внимательно
      следит, как ты "идешь" или "ползешь" с греховным грузом, перешагиваешь через
      жизненные искушения; учит, назидает, внушает, но ведет тебя. Чувствуешь помощь —
      и твой "мрачный лес" позади.
      А потом я спешила в величественный Вознесенский собор. Служил отец Исаакий.
      У него было право служения Божественной Литургии до "Отче наш" с открытыми
      вратами... Какая же это была служба! Самая удивительная и проникновенная!
      О роли храма в жизни христианина крестный много и часто говорил и даже в
      стихах славил храм:
            "В церкви служба идет,
             Правя строгий черед,
             Там монахи поют и читают.
             Рай тех звуков над храмом плывет
             И высоко над куполом тает"
      Отец Исаакий очень благоговейно относился в служению Литургии. Как и Владыка
      Алма-Атинский Николай, он имел дар молитвенных слез при совершении Евхаристии.
      Во время службы, как отмечали соборные богомольцы, лицо его часто озарялось
      необыкновенным Божественным светом. Его тихий, мягкий, но ясный голос как бы
      призывал и располагал к молитве.
      После службы к нему всегда выстраивалась длинная очередь — получить
      благословение. Сколько же надо было иметь терпения и любви, чтобы с каждым
      поговорить, совершив службу! А ведь у батюшки были больные ноги, сахарный
      диабет, он перенес инфаркт миокарда, операции. Но люди стояли и ждали своей
      очереди, чтобы получить душевное облегчение и утешение. Для каждого отец
      Исаакий находил теплые, ласковые слова, всем оказывал внимание, духовную
      помощь, а зачастую и материальную.
      Он никогда никого не обличал, не стращал и не карал, а имел смирение и
      необыкновенное, великое терпение. Каждый отходил от него с облегчением, —
      ведь от отца Исаакия исходили всепонимающая любовь и доброта.
      Если хоть раз человеку приходилось общаться с ним, то у него появлялась
      потребность еще раз увидеть батюшку, получить его совет — вроде бы простой,
      но по-житейски очень мудрый. Ни одна просьба не оставалась без внимания.
      Без преувеличения можно сказать, что жил он не для себя, а до конца дней
      своих — для людей. И лучшей наградой для него была ответная любовь его
      повзрослевших духовных чад.
      Радоваться крестный тоже умел искренне, улыбался всегда по-доброму.
      Когда ему сообщали какую-то приятную новость или рассказывали об удачном
      завершении, исполнении дела, крестился и говорил: "Слава Богу!"
      Отец Исаакий любил Пушкина, Достоевского, Чехова, Вальтера Скотта, а жития
      многих святых знал на память, цитировал оттуда целые фразы, выражения —
      удивительная была у него память. Вообще он любил читать, читал очень много.
      Любил читать вслух. Его чтение не было артистическим, однако захватывало.
      Мы часто плакали, когда он читал нам из житий святых.
      Очень любил отец Исаакий иконы. Любил дарить их и получать. В то время иконы
      были очень простые, в большинстве своем бумажные или фотографические.
      Когда отмечался праздник какого-нибудь святого, батюшка приносил из своих
      келейных запасов в собор фотоснимок его иконы, а прихожане говорили:
           "У нашего отца настоятеля вагон икон". Архимандриту Исаакию был присущ дар слова. Духовное наследие его составляют молитвы, проповеди, слова, поучения, а также стихи. Многих поражало его великое трудолюбие в таком преклонном возрасте. Он постоянно совершал богослужения, требы, заботился о благолепии собора. Как настоятелю, ему приходилось решать разные хозяйственные и организационные вопросы. При этом он окормлял многочисленную паству, вникал в нужды духовных чад. Он вел обширную переписку в пределах России и с зарубежьем, отвечая на все вопросы. Архимандрит Исаакий до конца своих дней сохранил жизнерадостность, остроумие, шутливость, то целомудрие, при котором всем было легко. Из воспоминаний духовной дочери Валентины Л.:
     "Наш отец Исаакий был верный сын Отечества, истинный служитель Православной
      Церкви, хранитель апостольских преданий. Церковь для него — это все. Он,
      уже будучи обремененным годами, немощным, больным, так ревниво относился к
      службам, что, когда архиереи намекали ему, что пора уйти на покой, грустил
      и говорил:
            "Если не служить, то и не жить".
      И умер он, как и хотел, на посту"