В Праге под руководством епископа Сергия (Королева) о.Исаакий духовно окормлял русских, проживающих в Чехословакии. Он являлся также законоучителем в Пражской русской гимназии. Как в Париже, так и в Праге русские собирались вокруг Православной Церкви. Не удивительно, что Владыка Сергий и отец Исаакий были в центре эмигрантской жизни русских, многие из которых были измучены и озлоблены, а все свои печали и горечи несли к духовным отцам. Владыка Сергий и иеромонах Исаакий были одного духа; большая любовь к Богу и ближним объединяла их более 17 лет. Позже, в 1950-е годы, о.Исаакий рассказывал, как он ходил к Владыке Сергию в его убогую однокомнатную квартирку, как они устраивали чай по четвергам и как объединял их "брат-самовар", а вокруг было много молодежи, студентов, людей незнатных и знаменитых, богатых и бедных, и все находили тепло, внимание и помощь Отец Исаакий притягивал к себе людей обаянием, духовной образованностью и большой молитвенностью. Люди не только любили и уважали его, но и полностью ему доверяли, так как он прошел через подобные страдания сам. О.Исаакий сумел объединить вокруг себя православную общину. Многих ему удалось обратить к Богу, многих присоединить к Православию, о чем свидетельствуют воспоминания многих эмигрантов и их благодарные надписи на фотографиях, подаренных ему в Праге. Из воспоминаний духовной дочери А.В.Окуневой, относящихся к 1950-ым годам:
    "Особый интерес в наследии, оставленном архимандритом Исаакием, представляют
     фотоальбомы, которые являются отражением всей его жизни, служения Богу, его
     окружения, истории русских эмигрантов. Отец Исаакий очень бережно относился
     к памяти прошлого. Всматриваясь в лица людей на фотографиях, отец Исаакий
     мог часами рассказывать о каждом. Он обладал уникальной памятью: помнил до
     малейших подробностей факты, даты, имена, где кого крестил, кого венчал,
     отпевал... "Высокочтимому архимандриту Исаакию, духовному отцу и личному
     другу" — такие надписи можно прочесть на фотографиях, подаренных батюшке
     Василием Немировичем- Данченко, Б.Н.Лосским, проф. В.В.Зеньковским, о.Сергием
     Булгаковым, графиней Софьей Шварценберг (урожд. княжной Трубецкой), о.Сергием
     Четвериковым и другими. Осталось несколько альбомов от учеников в Праге,
     крестников, духовных чад и друзей архимандрита Исаакия, посвященных батюшке..."
Отец Исаакий был искренне привязан к детям Михаила Михайловича и Елены Николаевны Осоргиных, одних из основателей Сергиевского подворья в Париже. Сохранился фотоальбом, подаренный ему семейством Осоргиных, с надписью:
     "Дорогому нашему другу и домочадцу иеродиакону, "иероняне" отцу Исаакию
     в день его Ангела. 30 мая 1928г. от Мули, Паки и Маки. Сергиевское подворье".
(Дети Осоргиных прозвали иеромонаха Исаакия "иероняней", т.к. он часто оставался с детьми, когда родители уходили в гости или в театр, рассказывал им сказки и истории из Библии)