Был посвящен во иеромонаха 18 июня/1 июля 1928г. в день празднования Боголюбской иконы Божией Матери. В 1952г. о.Исаакий вспоминал об этом дне:
     "24 года назад в Париже снизошла на мою главу Божественная благодать священства.
      Я стоял в алтаре у правого угла престола коленопреклоненный, на главе моей
      лежали епитрахиль и ласковая рука святителя митрополита Евлогия, моего
      старца и восприемника в иноческом чине, за год с лишним перед тем постригшего
      меня в монашество. И хор нашей небольшой церкви Сергиевского подворья
      стройно пел по-гречески "Господи, помилуй" ("Кирие, элеисон")". В 1928г. после успешного окончания Богословского института иеромонаха Исаакия направили в Прагу