О.Иоанна обвиняли в том, что он использовал религиозные чувства крестьян, вел среди них агитацию против колхоза, "проявлял пораженческие взгляды", "высказывал террористические настроения". Но батюшка все отрицал. У следствия не было иных доказательств, кроме досужих разговоров некоторых граждан. Их даже нельзя назвать доносами, т.к. этих людей вызывали в качестве свидетелей. И они давали "показания", что священник Иоанн Архангельский говорил когда-то, что жить стало трудно, что стало мало людей ходить в церковь, и народ забыл Бога