1 апреля 1942г. рукоположен во диакона

4 апреля 1942г. рукоположен во иерея

12 апреля 1942г. возведен в сан протоиерея и в тот же день пострижен в монашество с именем Даниил

13 апреля 1942г. возведен в сан архимандрита

26 апреля 1942г. хиротонисан во епископа Ковенского, назначен викарием Литовской епархии. Переехал в Ковно (Каунас)

В августе 1942г. епископ Даниил участвовал в созванном в Риге архиерейском совещании вместе с Виленским митрополитом Сергием (Воскресенским), Рижским епископом Иоанном (Гарклавой) и Нарвским епископом Павлом (Дмитровским). Вынужденные в условиях оккупации заявлять о лояльности к немецким властям прибалтийские архиереи тем не менее не вышли из юрисдикции Московского Патриархата, хотя и прекратили поминовение имени Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; с 8 сентября 1943г. — Патриарх всея Руси)