Большая часть семьи о.Константина в Крыму проживала в поселке Алупка, в санатории духовного ведомства — климатической колонии для учителей церковно-приходских школ, созданной в 1913г. по инициативе Училищного Совета Святейшего Синода и освященной в присутствии Императорской семьи Романовых в честь 25-летия основания таких школ в России. Сын о.Константина Аггеева Иван, студент Киевского политехнического института и Петроградской сельскохозяйственной академии, проживал при санатории, состоял деловодом санатория, превращенного в Алупкинский лазарет N 5. Сам о.Константин проживал в Севастополе, но часто приезжал к семье в Алупку и состоял последним директором санатория и настоятелем его домового Александро-Невского храма

В Севастополе о.Константин проживал по ул.Екатерининской, д.41 кв.2. О.Константин зарабатывал на жизнь преподавание в качестве профессора в Высшем Социально-Юридическом институте Севастополя, созданном в мае 1919г. Известно, что о.Константин был председателем "Исполнительного комитета духовенства и мирян г.Севастополя", — особого органа, созданного в епархиях Православной Российской Церкви после февральской революции 1917г. В Крыму о.Константин возглавлял Союз православных верующих. 7 ноября 1920г. Красная Армия прорвала первую линию Перекопских укреплений белых и устремилась вглубь полуострова Крым. В ночь на 10 ноября 1920г. Главнокомандующий Русской Белой Армией Юга России генерал-лейтенант Петр Николаевич Врангель объявил приказ об эвакуации своих войск из Крыма, разрешая присоединить к ним всех желающих. Население Крыма разделилось на тех, кто решился уехать и на тех, которые не могли или не хотели расставаться с родиной, и протоиерей Константин Агеев оказался среди последних. Согласно сведениям, собранным дочерью о.Константина, он дважды имел возможность покинуть Россию: эвакуироваться с войсками Врангеля и принять предложение преподавать в университете г.Софии:
    "В Крыму мы узнали, что отца приглашал болгарский Софийский университет
     на кафедру теологии".
Причиной отказа дочь считает то, что "он не хотел покинуть родину и семью". 14 ноября 1920г. последний пароход с эвакуируемыми вышел из Ялты. 17 ноября 1920г. в Ялту вступили войска Красной Армии под командованием М.В.Фрунзе. Оставшись в Крыму, занятом большевиками, протоиерей Константин Аггев получил ряд документов от Советской власти, позволявших ему продолжить свою церковную и преподавательскую деятельность. Так, уже 15 ноября 1920г., сразу же после занятия Севастополя 51-й дивизией под командованием В.К.Блюхера, о.Констанин Аггев получил повестку:
    "Реввоентрибунал побережья Черного и Азовского морей извещает Вас, что Вы
     допущены правозаступником по делу священника Егорова, которое будет
     разбираться в судебном Заседании Реввоентрибунала 18 декабря 1920г. в 12
     часов дня. Обвинительные материалы находятся в следственной части
     Реввоентрибунала".
Священник Владимир Николаевич Егоров был обвинен новой властью в контрреволюционной деятельности. Ранее о.Константин Аггев был знаком с о.Владимиром Егоровым по совместному участию в работе Поместного Собора Православной Российской Церкви, делегатом на который о.Владимир Егоров был избран от военного и морского духовенства. Новые власти обратились к о.Константину Аггеву с предложением быть "правозаступником", т.е. общественным защитником на суде, как к человеку, известному в городе и возглавлявшему Исполнительный Комитет духовенства и мирян г.Севастополя. Для о.Константина было немыслимо отказаться от возможности хоть как-то помочь своему товарищу-священнику. Однако в декабре 1920г. о.Владимир Егоров все же был расстрелян. 2 декабря 1920г. о.Константину было выдано удостоверение Отдела народного образования Севастопольского Военревкома за номером 780 в том, что он "состоит профессором Высшего Социально-юридического института".
Это удостоверение имело функцию своего рода "охранной грамоты" для священника и его семьи. В нем, в частности, значилось:
    "Имущество тов.Аггева, как советского служащего, а также помещение, им
     занимаемое, реквизиции и обыску не подлежит, и сам он не может быть задержан
     без предварительного уведомления отдела Наробраза".
Это было особенно важно для бывших участников белого движения, каковыми являлись о.Константин и его сын Иван. Материалы, собранные дочерью о.Константина Еленой, передают воспоминания эсера С.С.Кноруса, работавшего с о.Константином лектором в Симферопольском университете:
    "Кнорус сказал нам о своем большом уважении к отцу, как к человеку большого
     ума и эрудиции, но, к сожалению, не разобравшемуся в ситуации
     ("Он не мог нас понять", — говорил он об отце)". Это свидетельство подтверждает, что о.Константин до конца оставался убежденным противником советской власти, но полагал, что должен исполнять свое призвание к христианскому просвещению людей до тех пор, пока власть предоставляет ему такую возможность. 16 декабря 1920г. Отдел народного образования выдал удостоверение, согласно которому протоиерей Константин Аггев состоял также "заместителем председателя правления Народного университета".
Документы, сохранившиеся в Крымском архиве, подтверждают, что о.Константин Аггеев являлся также одним из организаторов Севастопольского Народного университета, принимал участие в разработке положения об Университете, в выработке примерных планов преподавания по факультетам, подборе преподавательского состава. Свободное перемещение по территории Крыма, занятого большевиками, было затруднено и небезопасно. Чтобы иметь возможность видеться с семьей, о.Константин Аггев выхлопотал для себя возможность посещать Алупку с целью инспектирования санатория духовного ведомства, в котором жили его многочисленные родственники. Приказом номер 64 по Управлению делами Отдела Народного образования Севастопольского ревкома от 31 декабря 1920г. о.Константин Аггев был назначен "председателем комиссии по использованию для нужд Отдела народного образования в бывшем санатории духовного ведомства в Алупке". Уже за пять дней до официального приказа, 26 декабря 1920г. о.Константину было выдано удостоверение о командировании его в Алупку с возложением на него ряда поручений, связанных с духовным санаторием: нужно было принять санаторий в наличном состоянии на нужды Наробраза, составить акт имущества: возвратить санаторию имущество, незаконно переданное другим учреждениям и частным лицам; организовать временное управление и составить смету расходов на ближайшее время. По исполнении поручения о.Константин должен был возвратиться в Севастополь. О.Константину был выдан пропуск за номером 533 от 46-й дивизии, разрешающий выезд из Севастополя в Алупку. Вернуться в Севастополь он планировал 29 декабря. Возвращение в Севастополь оказалось невозможным по причине ареста

Согласно семейным воспоминаниям, о.Константин пытался заступиться за сына Ивана, который был арестован как "бывший участник белых армий". Аресты, допросы и казни производила Чрезвычайная тройка Крымской ударной группы управления особых отделов ВЧК при Реввоенсовете Южного и Юго-Западных фронтов в составе председателя Удриса, членов тройки Агафонова и Тольмаца. Местом дислокации тройки стала Ялта. Из Ялты производились рейды в госпитали и санатории Крыма с целью выявления раненых белогвардейцев и другого "контрреволюционного элемента". 20 декабря 1920г. протоиерей Константин Агеев и его сын Иван были арестованы органами Ялтинской ЧК в санатории духовного ведомства в Алупке. После ареста о.Константин и его сын были доставлены в Ялту

В Ялте о.Константина с сыном отправили на дачу эмира Бухарского, где 31 декабря 1920г. он заполнил анкету. На вопрос об имущественном положении о.Константин ответил:
    "Никакого имущества не имею". Среди занятий до 1917г. указал:
    "Председатель Учебного Комитета и член Всероссийского церковного Собора". На вопрос об отношении к Советской власти, от которого напрямую зависела его жизнь:
    "Признаете ли Советскую власть?", — избежав компромисса со своей христианской совестью, ответил:
    "Признаю как власть". На вопрос:
    "Сочувствуете ли Коммунистической партии?", — ответил:
    "Не знаю программы". 2 января 1921г. на анкете следственного дела о.Константина резолюция председателя Ялтинской ЧК Удриса:
     "Протоиерей, бежал от красных, расстрелять. Удрис." На обратной стороне листа написано:
     "Приговор привести в исполнение в течение 2-х часов. Поручить Агафонову.
      6.01.1921г.".
Со слов дочери о.Константина известно, что С.С.Кнорус, занимавший должность члена Коллегии Реввоентрибунала побережья Черного и Азовского морей, пытался оказать помощь своему бывшему сослуживцу по университету: "стремился узнать о нем, облегчить его участь, переправивши его на Север, но было поздно".
На заседании Чрезвычайной тройки от 04.01.1921г. к расстрелу было приговорено 58 человек, в т.ч. о.Константин и его сын Иван