По Указу 27.03.1953г. "Об амнистии" срок заключения был сокращен. 22 мая 1955г. по решению военного трибунала, который признал его невиновным, был освобожден без поражения в правах и снятия судимости. Как говорят, освобождение о.Алексея после второго заключения совершилось чудесным образом: заключенные постились и молились святителю Николаю об освобождении и были освобождены, те же кто не выдержал поста освобождения не получили. "Когда мне объявили [об освобождении], — писал о.Алексий, — я сидел и только плакал. "О чем плачешь?"
— спрашивает у меня удивленный начальник. "От радости", — сказал я. Меня отправили в Ленинград. Массу переживаний не выдержал мой организм. Дорогой, в Москве, при пересадке на ленинградский поезд, у меня случилось кровоизлияние в мозгу. Я упал, лишился языка, но сознания, к счастью не потерял. Мне помогли подняться, ввели в вагон, и в таком состоянии я доехал... Врач констатировал у меня паралич и все удивлялись, как я мог доехать в таком состоянии. Быстро я стал оправляться. 15 августа я смог быть на приеме у Митрополита Григория... Владыка принял меня как родной... дал мне единовременное пособие... назначил меня согласно моего заявления, на прежнее место, к Казанской вырицкой церкви приписным священником"