Находился в оккупации в Полтаве, где был возведен в сан игумена. о.Иоанн восстанавливал женский монастырь под омофором епископа Вениамина (Новицкого), с которым был очень близок. При приближении советских войск о.Иоанн вместе с епископом Вениамином и тремя духовными дочерьми покинули Полтаву, зная, что им неминуемо грозят сталинские лагеря, и на открытой платформе товарного поезда эвакуировались на Запад. Немецкий военный поезд шел без остановок в Германию. По мере приближения к границе о.Иоанн и епископ Вениамин все больше ощущали, что не могут уехать из России. Когда поезд приближался к г.Почаеву, они оба, не сговариваясь, встали на колени и стали умолять Бога о том, чтобы им остаться в Почаеве. Это было удивительное зрелище: полным ходом идет военный состав, а на открытой платформе молятся на коленях епископ и игумен. Бог услышал их молитву, поезд стал тормозить. Тогда женщины стали сбрасывать чемоданы на насыпь, затем все спрыгнули с поезда на ходу, после чего поезд, не останавливаясь, стал набирать скорость и ушел в Германию. В Почаеве их встретили с великой радостью, т.к. епископ Вениамин до войны в течении ряда лет был наместником Почаевской лавры

Некоторое время о.Иоанн жил в Почаевской Лавре. В 1944г. епископ Вениамин был вызван в Киев и там арестован. Игумен Иоанн поселился на окраине г.Кременца неподалеку от Почаевской Лавры с подпиской о невыезде

Жил в Кременце до своей кончины почти в затворе. Служил Литургию дома, имел духовных детей, почитавших его за старца