О.Алексий с глубоким смирением принял обрушившуюся на него скорбь. Он очень сокрушался, что в свое время не последовал советам о.Серафима и митрополита Григория (Чукова) принять монашество. Старец Серафим и владыка Григорий понимали, что богоборческие власти не оставят его в покое как истинного ревнителя памяти невинно убиенной Царской семьи. Ведь о.Алексий по своей детской вере и непосредственности со многими делился рассказами о своем пребывании в Царском Селе. Умудренные Богом старшие пастыри знали, что лучшим для него решением будет удалиться в тишину монастырской келлии. В своем письме из заключения о.Алексий пишет: "На последнем свидании я сказал сыну: "Помнишь в прошлом году старец Серафим и митрополит Григорий говорили мне о монашестве? Я не послушал и, и вот теперь меня отправляют в сибирскую лавру-монастырь, учиться повиновению, терпению и послушанию. Буди Воля Божия..."
   Я попал в самые строго режимные лагеря — Озерлаг около Иркутска. Переписка разрешалась там один раз в году. Режим был каторжный; мы не считались людьми...
   Действительно, Владыка, Господь управляет судьбами человека! Я это испытал!" Письма из лагеря о.Алексия полны глубокой веры и полного смирения: "Терпение у нас уже истощилось, а, очевидно еще надо потерпеть. На все воля Божия..." Незадолго до освобождения о.Алексий писал: "Сегодня печальный, тяжелый по воспоминаниям для меня день. Как раз исполнилось пять лет заключения в лагерях. Боже мой! Как много пережито за эти годы! Не стану останавливаться на этих тяжелых воспоминаниях! Это ни к чему..."