ГА Нижегородской обл. Ф.2209. Оп.3. Д.6769. Проходил по делу Горьковского митрополита Феофана (Тулякова) вместе с группой священнослужителей и мирян. Во время следствия о.Иоанну было предъявлено обвинение в том, что он "является активным участником Горьковского филиала церковно-фашистской диверсионно- террористической и шпионской организации, возглавляемой Горьковским митрополитом Феофаном (Туляковым)". Кроме того, о.Иоанна обвинили в том, что он, якобы "проводил вербовку новых участников в данную контрреволюционную организацию, собирал шпионские сведения о настроениях различных слоев населения города. На единственном допросе 9 августа 1937г. о.Иоанн виновным себя не признал Из протокола допроса:
   "— Вы арестованы за контрреволюционную деятельность, предлагаю не задерживать
    следствие, дать правдивые показания о вашей контрреволюционной агитации
    — Виновным в контрреволюционной деятельности себя не признаю, и я нигде и
      никогда контрреволюционной агитации не проводил.
    — Сколько раз служил в вашей церкви митрополит Феофан?
    — Служил более пяти раз, последний раз служил 24июня/7 июля.
    — Вы присутствовали при служении Феофана?
    — Присутствовал, но служил с Феофаном настоятель церкви Тихонов и Каторжин.
    — Посещали ли вы Феофана на квартире, после того как он отслужит обряд?
    — Я Феофана посещал два раза на квартире, разговор был только на бытовую
      тему. Я ему пояснил о своей болезни, и митрополит Феофан давал мне
      советы лечения, других разговоров у меня с ним не было.
    — Кто посещал из попов Феофана?
    — Посещал Феофана благочинный Лавров Николай Иванович, священник Сергиевской
      церкви, Тихонов Константин Васильевич, протоиерей Предтеченской церкви,
      посещали его и другие.
    — Какие бывают разговоры при посещении Феофана, как в церкви, а также
      и на квартире?
    — Были ли разговоры Феофана как с попами, а также с другими посетителями,
      я не знаю, так как я в это время не присутствовал.
    — Поясните ваши связи и знакомых?
    — Из попов я бываю у Тихонова, своего настоятеля, и Троицкого Петра
      Николаевича из Похвалинской церкви, но посещаю их очень редко.
      Посещаю Смирнова Владимира Митрофановича, сына бывшего торговца,
      но это посещение заключается в том, что последний делал для церкви
      кое-какой ремонт, а также и другие работы.
      Больше я никого не посещаю, а также и меня никто не посещает...".
Из показаний лжесвидетеля (спустя 5 дней):
     "Лазарева И.М. я знаю как отъявленного врага советской власти.
      Среди церковников своего прихода Лазарев ведет большую контрреволюционную
      работу, внушает церковникам ненависть к советской власти,
      высказывает контрреволюционные клеветнические суждения.
      Кроме этого, он высказывал пораженческие настроения, заявляя
      о неизбежности близкой войны с Японией".
На основании этих обвинений 21 сентября 1937г. Тройка НКВД приговорила о.Иоанна к расстрелу