В 1930-е годы о.Стефан Малявин остался без места ввиду закрытия церкви

Настоятель единственного еще не закрытого в городе Покровского собора, благочинный прот.Виктор Киранов оформил о.Стефана при соборе, как и многих других священнослужителей, оставшихся без своих приходов. Хотя официально священники числились при храме на не священнических должностях (в качестве певчих, сторожей и т.д.), они поочередно совершали Литургию. Священники пытались сделать все возможное, чтобы не допустить закрытия собора. После Рождества, 8 января 1937г. состоялось приходское собрание, на которое пришло 4 тысячи человек. Все единодушно встали на защиту храма

Вскоре после собрания храм был закрыт, священники в том числе о.Стефан Малявин, были арестованы

Дознание длилось несколько месяцев. После многодневных допросов и пыток из арестованных были "выбиты" абсурдные признания. После этого заключенные были отправлены в Запорожскую тюрьму, откуда о.Стефан написал прокурору письменный отказ от своих показаний. В контрреволюционной деятельности о.Стефан виновным себя не признал