В конце 1929г., во время отсутствия Екатерины Владимировны, о.Иоанн и ряд его ближайших сподвижников были арестованы в Херсоне. Матушка Екатерина Владимировна, выехав от Владыки Прокопия в январе 1930г. в Херсон, по дороге также была арестована и отправлена в Тобольск. Летом 1931г. Владыка Прокопий и епископ Амвросий также были арестованы в и отправлены в Казахстан