Был рукоположен во иерея в 1918г. или чуть позже. Митрополит Платон назначил о.Иоанна в Благовещенский женский монастырь, который находился недалеко от Херсона, но от этого назначения о.Иоанн отказался и был направлен в архиерейскую церковь города Херсона

В 1923г. в Херсоне стали активно действовать обновленцы ("живоцерковники"). За противодействие обновленцам епископ Прокопий был арестован и выслан с Украины. В 1925г. собор заняли обновленцы, и о.Иоанн, как сторонник истинной Патриаршей Православной Церкви, ушел из собора

В 1926г. о.Иоанн ушел из кладбищенской церкви, потому что туда был принят певчий из обновленческого хора без соблюдения установленного на это чина приема. С этого момента о.Иоанн оставался без места. По данным [4]: 26.10.1927г. в Херсон приехал временно управляющий епархией архиепископ Анатолий (Грисюк), назначенный митрополитом Сергием (Страгородским). Благочинный протоиерей Иоанн Скадовский, протодиакон Михаил Захаров, священник Димитрий Мирошкун и иеромонах Афанасий его не признали. В беседе с Владыкой они отвергли его права на управление Херсонской и Николаевской епархией как неканонические. Архиепископ Анатолий несколько месяцев ждал обещанных письменных объяснений, но не дождался и запретил протоиерея Иоанна Скадовского, протодиакона Михаила Захарова, о.Димитрия Мирошкуна и иеромонаха Афанасия в священнослужении в пределах епархии. Отец Иоанн Скадовский и о.Михаил Захаров были изгнаны из кафедрального собора

О.Иоанн Скадовский и о.Михаил Захаров стали служить на квартирах. Они пытались добиться у властей выделения им церкви как "особому независимому течению", но получили отказ. Община о.Иоанна Скадовского насчитывала около 100 человек. Он выезжал служить в окрестные села. Вокруг о.Иоанна, как наиболее стойкого сторонника Патриаршей Церкви, собралось около 50 или 60 православных человек, не желавших идти на компромиссы с обновленцами. О.Иоанн с участием протодиакона Михаила Захарова, у которого он поселился с матушкой Екатериной Владимировной, регулярно совершал богослужения у себя дома, говорил проповеди, ободрял малодушных, решительных готовил к подвигу исповедничества. Духовному подвигу о.Иоанна последовали лучшие священнослужители и миряне во всей округе. Община о.Иоанна стала духовным ядром единомышленников и сподвижников арестованного в 1925г. Владыки Прокопия (Титова), связавшим с ним херсонскую паству. Имя Владыки непопустительно поминалось во время богослужения вплоть до мученической кончины последнего. Верующие регулярно собирали для своего архиепископа посылки и передачи. О.Иоанн и его жена Екатерина Владимировна, протодиакон Михаил Захаров и другие духовные чада архиепископа доставляли ему передачи и многочисленные письма, благодаря которым Владыка Прокопий, невзирая на заключения, этапы и непрекращающиеся ссылки не только формально, но и фактически оставался главой Херсонской епархии. В 1926г. о.Иоанн ездил в Москву увидеться с архиепископом Прокопием перед отправкой его на Соловки. В 1928г. о.Иоанн снова поехал на Соловки (в Кемь) с целью повидать Владыку Прокопия, но свидания не дали О.Иоанн Скадовский остался верным Владыку Прокопию и отказывался признать архиепископа Димитрия (Любимова)

Деятельность общины о.Иоанна не осталась не замеченной Херсонским ОГПУ. Херсонское управление ОГПУ с октября 1929г. осуществляло слежку за о.Иоанном Скадовским и другими местными антисергианами, но аресты прошли только 15 января 1931г. — в Херсоне, селах Арнаутки и Малые Копаны. 15 января 1931г. о.Иоанн Скадовский и ряд его ближайших сподвижников были арестованы по делу о "раскрытой на Украине к/р организации церковников, именовавшей себя "Истинно-Православной Церковью"

Групповое дело "Дело епископов Павла (Кратирова), Иоасафа (Попова), священника Григория Селецкого и др. Харьков, 1931г." 

Дело N Д.65744 ЦГА ОО Украины. Ф.263. Оп.4. Главными обвиняемыми по делу проходили епископы Павел (Кратиров), Иоасаф (Попов), священник Григорий Селецкий (будущий игумен Иоанн) и другие священнослужители и монашество. Всего по делу проходило 136 человек. Из обвинения:
   "Принадлежал к к/р организации "Истинно-Православная Церковь".
    Организатор и руководитель Херсонской к/р группы — нелегальной религиозной
    общины из более ста человек антисоветски настроенных элементов.
    Херсонская к/р группа через Скадовского была связана с Николаевской группой.
    Совершал нелегальные богослужения на квартире. Организовывал конспиративные
    собрания членов группы. Вел антисоветскую агитацию.
    Поддерживал отношения с архиепископом Прокопием (Титовым) и организовывал
    помощь сосланному духовенству. Распространял к/р литературу".
На допросе о.Иоанн сказал:
   "Я придерживаюсь монархических убеждений, но не
    протестую против других форм правления и принимаю их, как волю Божию.
    Советскую власть считаю властью богоборческою, властью сатанинскою,
    которая послана людям за грехи. ...
    В 1926г. я ездил в Москву с целью получить свидание с архиепископом
    Прокопием. В 1928г. я ездил в Кемь для свидания с архиепископом Прокопием,
    но неудачно, так как свидания не получил.
    Моя жена Екатерина Скадовская ездила к архиепископу Прокопию в Обдорск
    в 1928 и в 1930г., чтобы передать ему облачение и посылки.
    На обратном пути, где-то около Тобольска, она была арестована,
    и я с ней с тех пор больше не виделся".
О.Иоанн не отрицал своего личного влияния на своих духовных чад, но назвать их отказался. Признал себя виновным "частично". Виновным в а/с агитации он себя не признал. 22 мая 1931г. Коллегия ОГПУ утвердила обвинительное заключение по делу. 2 января 1932г. о.Иоанн Скадовский был приговорен к 5 годам концлагерей и отправлен в лагерь. По данным [6] приговор — 8 лет концлагерей

Кроме о.Иоанна, в той же тюрьме содержались протодиакон Михаил Захаров и другие заключенные, проходившие по тому же делу. С лета 1930г. там же находилась под стражей и матушка Екатерина Владимировна

16 февраля 1933г. о.Иоанн Скадовский и протодиакон Михаил Захаров были досрочно освобождены из лагеря с прикреплением к определенному месту жительства и ограничением проживания в 12 населенных пунктах на 3 года ("-12"). О.Иоанн Скадовский и протодиакон Михаил Захаров были определены на жительство в г.Камышин