Деятельность общины о.Иоанна не осталась не замеченной Херсонским ОГПУ. Херсонское управление ОГПУ с октября 1929г. осуществляло слежку за о.Иоанном Скадовским и другими местными антисергианами, но аресты прошли только 15 января 1931г. — в Херсоне, селах Арнаутки и Малые Копаны. 15 января 1931г. о.Иоанн Скадовский и ряд его ближайших сподвижников были арестованы по делу о "раскрытой на Украине к/р организации церковников, именовавшей себя "Истинно-Православной Церковью"