В 1923г. в Херсоне стали активно действовать обновленцы ("живоцерковники"). За противодействие обновленцам епископ Прокопий был арестован и выслан с Украины. В 1925г. собор заняли обновленцы, и о.Иоанн, как сторонник истинной Патриаршей Православной Церкви, ушел из собора

В 1926г. о.Иоанн ушел из кладбищенской церкви, потому что туда был принят певчий из обновленческого хора без соблюдения установленного на это чина приема. С этого момента о.Иоанн оставался без места. По данным [4]: 26.10.1927г. в Херсон приехал временно управляющий епархией архиепископ Анатолий (Грисюк), назначенный митрополитом Сергием (Страгородским). Благочинный протоиерей Иоанн Скадовский, протодиакон Михаил Захаров, священник Димитрий Мирошкун и иеромонах Афанасий его не признали. В беседе с Владыкой они отвергли его права на управление Херсонской и Николаевской епархией как неканонические. Архиепископ Анатолий несколько месяцев ждал обещанных письменных объяснений, но не дождался и запретил протоиерея Иоанна Скадовского, протодиакона Михаила Захарова, о.Димитрия Мирошкуна и иеромонаха Афанасия в священнослужении в пределах епархии. Отец Иоанн Скадовский и о.Михаил Захаров были изгнаны из кафедрального собора