После закрытия церкви Св.Ольги о.Кукша служил псаломщиком, затем священником церкви в Воскресенской Слободке (настоятель — Панасенко, священник — игумен Власий Бычко). Об этом периоде о.Кукша в 1959г. скажет:
   "Я знал приход, службу и скромную квартиру. Я иногда даже ночевал в церковной
  сторожке"

О.Кукша устроился служить в храме на Воскресенской Слободке, едва ли не единственном в Киеве, где совершалась Божественная Литургия

Был арестован 28 апреля 1938г. IV отделом УГБ управления НКВД СССР по Киевской о., проходил по одному следственному делу с лаврским игуменом Власием (Бычко). "Когда меня привели в тюремную камеру, — вспоминал о.Кукша, — в ней было много "урок", все сидели на нарах, свободного места не было. В углу сидел знакомый священник, арестованный раньше меня. Я встал у двери с узелком, осматривался, ища себе места на нарах, а тот священник незаметно дал мне знак, чтобы я не двигался с места. Если бы прошел к нарам, меня бы урки избили — такой у них был тюремный "закон". Я остался стоять у двери и молился про себя Богу. Вдруг урки потеснились и освободили для меня место на нарах, один говорит: "Отец, иди, садись здесь"

В возрасте 63 лет о.Кукша оказался в сибирской тайге на изнурительных лесоповалочных работах. Труд был очень тяжелым, особенно в зимнее время, в лютые морозы, в снегу. Работали по 14 часов в сутки, получали по 400 граммов хлеба и "баланду", в которую иногда клали по маленькому кусочку мяса. Вместе с о.Кукшой в лагере содержалось много духовенства и монашества. Однажды он получил от Преосвященного Антония (Абашидзе) посылку, в которую вместе с сухариками Владыко умудрился положить 100 частиц сухих Даров, чтобы о.Кукша ими причащался. Он сказал некоторым священникам, что получил Святые Дары и надо ими причастить монахов и монахинь. Священники под большим секретом оповестили "своих", чтобы те в назначенный день, в определенном месте, незаметно для конвоя готовы были принять Святое Причастие. Так в одно утро по дороге на работу причастилось сразу 100 человек. Как они радовались и благодарили Бога за Его великую милость! Конечно для многих это было последнее причастие в их многострадальной жизни. В лагере от изнурительной работы и плохого питания многие заболевали дизентерией и почти все они умирали. Заболел и о.Кукша. Его положили в лагерную больницу, питание скудное, лечения почти никакого. Его уже перевели в палату смертников. На врачебном обходе молодой врач, узнав, что о.Кукша его земляк из Киева стал лично лечить о.Кукшу: приносил пищу, лекарства и через 2 месяца поставил на ноги и выписал из больницы. Освобожден из лагеря 5 мая 1942г. с поселением на 5 лет в одном из сел около г.Кунгур

Приехав на место, о.Кукша искал приюта. Попросился на квартиру в один дом. Там в одной избе жила большая семья: старик, невестка и пятеро детей (пятый грудной и муж на фронте). Вся семья сидела за столом обедала. Старик сказал, что у них тесно, в одной комнате неудобно будет жить, но пригласил пообедать. О. Кукша помолился и благословил пищу. Старик, узнав, что о.Кукша священник притащил со двора доски и стал немедленно отгораживать в избе для него келию, в которой о.Кукша и прожил все 5 лет. Из Киева ему присылали посылки, люди помогали, узнав, что он священник. Иногда удавалось по благословению Архиерея послужить в церкви в соседнем селе. В 1948г., по окончании срока ссылки, за о.Кукшой приехала матушка Херувима и увезла его в Киев