После ареста в тот же день, 24 февраля о.Иона был допрошен. Из протокола допроса:
     "— Среди вашей переписки найдена записка следующего содержания:
            "Говорил о предстоящем пришествии Антихриста, сперва коллективного,
             а затем воплощенного в одном лице".
         Скажите, кто это "говорил", и как понимать содержание Вашей записки?
      — Эта записка написана мной, выписана из Библии, но что эти слова значат,
        разъяснить я не могу, и сам заинтересовался этими словами, потому и
        выписал их.
      — Вас обвиняют в к/р агитации среди населения и распространении к/р клеветы
        о руководителях партии и правительства, а также в высказывании недовольства
        существующим строем.
      — К/р агитацией и распространением к/р клеветы я не занимался и виновным себя
        в этом не признаю".
После допросов иеромонаха Ионы следователь снова допросил свидетелей. Один из них показал:
       "Видел, как о.Иона разговаривал с церковным старостой в присутствии
        других верующих, фамилий которых не знаю. И староста сказала, что,
        "вот, скоро выборы и хорошо бы, чтобы от верующих тоже была кандидатура",
        но о.Иона ее перебил и сказал, что "организация наша не зарегистрирована,
        и от нас кандидатуры не примут". На это староста сказала, что
        "если наши люди не будут выбраны, то нашу церковь могут закрыть"... Тот же свидетель, показал, что о.Иона будто бы говорил:
           "Конституция — это только бумага, в ней никакого равенства нет:
            С кого — налог берут 30 рублей, а со священника — 2000, а в
            конституции указано, что "все равны", а тут и понимай — кто тут
            равный. Налог наложили, чтобы закрыть церковь. Это Вы должны
            понимать, а раз это так, то должны не допустить закрытия церкви
            и собрать деньги".
После допросов свидетелей следователь снова приступил к допросу о.Ионы, который к тому времени уже третий месяц находился под арестом в тюрьме:
       " — Признаете ли Вы себя виновным в том, что среди колхозников
           с.Алпатьево вели к/р агитацию против существующего строя, распространяли
           гнусную к/р клевету на руководителей партии и правительства?
           В июле 1937г. Вы организовали женщин выступить против закрытия церкви.
           Подтверждали ли Вы это?
         — В предъявленном мне обвинении в к/р агитации виновным себя не признаю.
           Также не было с моей стороны никакой агитации среди женщин в июле 1937г.
           против закрытия церкви".
Виновным себя не признал