Вернулся о.Кукша в Киево-Печерский монастырь в начале июня 1947г. С 1948г. — схиигумен

До 20-х числе октября 1951г. проживал в схимническом корпусе на Ближних пещерах. Нес послушание свечника и проводника по Ближним пещерам. Бывало идет через храм исповедывать людей, а народу много, все проходы заполнены и он никогда не попросит пропустить его, остановится позади всех и ждет, когда можно будет пройти, не расталкивая и не беспокоя людей. Все считали за счастье исповедовать ему свои грехи и получить от него душеспасительные наставления и назидания. Он был великим прозорливцем. Многие шли к нему, чтобы рассказать о своих скорбях и спросить совета, а он, не дожидаясь их объяснений уже встречал их нужным советом или ответом. Исповедь людей всю жизнь была его основным послушанием, поэтому и называли его "исповедником". Многих он исцелял от душевных и телесных недугов одной своей молитвой, часто заочной. К о.Кукше тянулись люди из всех уголков страны. КГБ следило за ним, как за опасным "идеологическим элементом", духовной власти было приказано перевести его из Киева куда-нибудь подальше в глухое место. О.Кукша был переведен в Почаевскую Лавру

В Почаевской Лавре о.Кукша нес послушание предстоятеля у чудотворной иконы Почаевской Божией Матери и совершал Литургию в пещерном храме. Также о.Кукша исповедовал людей. Свои обязанности он выполнял с материнской заботой ко всем приходящим. Все кто приезжал в Лавру, старались обязательно попасть на исповедь к о.Кукше: люди сотнями стояли в очереди к нему в храме, многих принимал он и в своей келии, не жалея себя для людей и почти без отдыха проводя целые дни, несмотря на старческие болезни и преклонный возраст. Все монахи святой обители очень уважали о.Кукшу, но были и лица ненавидевшие его и настраивавшие против него Наместника. Постепенно о.Кукше создали невыносимые условия, запретили выходить из келии без всякой видимой причины. В период с марта по апрель 1957г. церковное священноначалие определило о.Кукше пребывать в затворе "для совершенствования аскетической жизни и несения высокого схимнического подвига"
Владыка Евмений (в схиме Ефрем), узнав о притеснениях, чинимых старцу в Почаевской Лавре, выхлопотал у Экзарха Украины Указ о переселении схиигумена Кукши в мужской монастырь Святого Апостола Иоанна Богослова. В Вербное Воскресенье о.Кукша отслужил последнюю литургию в Почаевской Лавре

В Иоанно-Богословском монастыре было очень тихо и просто, братии очень мало. С прибытием о.Кукши жизнь в тихой обители резко изменилась. Люди узнали, где находится великий старец, и началось паломничество. В обители стало многолюдно. Бедный и безвестный монастырь стал знаменит и богат. Жертвы поступали отовсюду. Жизнь в монастыре забила ключом, почувствовался особый духовный подьем как братии, так и посетителей. Центром этой духовной жизни был, конечно, о.Кукша, как носитель благодати Божией, которую он изливал на всех окружающих неоскудно. В октябре 1957г. о.Кукша пытался добиться пересмотра уголовного дела. Он отослал жалобу в прокуратуру Киевской обл. следующего содержания:
   "Покорнейше прошу Вас реабилитировать меня и тем самым дать мне возможность дожить
  последние дни в Киевском монастыре, где я так долго прожил и мне хотелось бы там умереть".
Только 11 марта 1959г. следователь УКГБ при СМ УССР взял показания у о.Кукши, где схиигумен отказался от показаний на допросах 1938г., сказав, что "они давались не мной, а сочинялись работниками НКВД. Ни о каких антисоветских группировках я не имею понятия. Показания от меня получены таким способом, о котором я не хочу вспоминать, и, как монах, никому не скажу. Что было, то прошло. Но я еще раз заявляю, что я ни в чем не виноват и в 1938г. осужден был неправильно. Других объяснений я дать не могу и не дам".
В 1959г. о.Кукше отказали в реабилитации

В 1960г. закрыли Черновицкий Свято-Введенский женский монастырь, монашек перевели в мужской Иоанно-Богословский монастырь. О.Кукшу перевезли в Одесский Свято-Успенский мужской монастырь при Патриаршей даче. В монастыре о.Кукшу с любовию встретили братия обители. Ему было дано послушание исповедывать людей в храме и в алтаре вынимать частички из просфор во время проскомидии. Все в монастыре любили и уважали о.Кукшу, только один благочинный архимандрит Филипп очень плохо к нему относился, притеснял и унижал (видимо имея такое задание от власти), подселил в его келию "послушника", который фактически был "подслушником" и соглядатаем и обо всем должен был доносить благочинному Филиппу. Несмотря на запрет властей посещать старца, люди и здесь не лишились его духовного окормления. О.Кукшу очень любил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий I, который приезжал в Одесский монастырь каждый год летом. Патриарх всегда приглашал благодатного старца "на чашку чая", любил беседовать с ним, спрашивал, как было в Иерусалиме и на Афоне в прежние времена. Одно время благочинный Филипп даже самолично запирал о.Кукшу, чтобы к нему никто не вошел и не общался с ним. О.Кукша безропотно нес свой крест. Он говорил: "Монахи не жалуются и не оправдываются". Осенью 1964г. он заболел, вследствии того, что его келейник в очередном приступе злобы в октябре месяце ночью выгнал старца раздетым из кельи. Он, блуждая в темноте, упал в яму, повредил ногу и так лежал в той яме до утра, пока братия, идущие в храм на службу, не услышали его слабые стоны и вытащили из ямы. О.Кукша сильно простудился, получил двустороннее воспаление легких и был прикован к постели. За ним ухаживала матушка Херувима. Она рассказывала, что о.Кукша "только телом еще на земле, а душой уже на небе", что по ночам она видит и слышит, что он дает возгласы, как бы совершая литургию, открывает уста для принятия Святых Даров, а когда утром приходят братия, причастят его, после их ухода он сетует, что неправильно поступил причастился дважды: ведь он был предстоящим на литургии и причащался Святыми Дарами, но пришли братия и снова его причастили, а он не посмел отказаться. Вместе с матушкой Херувимой за старцем ухаживали и другие его духовные дочери. От него не отходили ни днем, ни ночью. В ночь с 23 на 24 декабря о.Кукша перестал дышать... Блаженный подвижник предвидел свою кончину. Духовная дочь старца схимонахиня А. вспоминает:
   "Батюшка иногда говорил: "90 лет — Кукши нет. Хоронить-то как будут, быстро-
  быстро, возьмут лопаточки и закопают".
  И действительно, его слова исполнились в точности. Он упокоился в 2 часа ночи,
  а в 2 часа пополудни этого же дня над могильным холмиком возвышался уже крест.
  Скончался о.Кукша, когда ему было 90 лет"