После увольнения за штат о.Михаил ушел в затвор. Причиной его ухода в затвор была клевета в его адрес. Будучи глубоко верующим, батюшка благоговейно относился к службе, требовал такого же отношения от других. Его собрат по службе пожаловался уполномоченному по делам Русской Православной Церкви, обвинив о.Михаила в "реакционности и фанатизме". Уполномоченный снял батюшку с регистрации, то есть лишил батюшку возможности служить. И хотя Владимирский епископ Онисим смог как-то смягчить гнев уполномоченного, доказав, что донос
— клевета, батюшка ушел в затвор. В течении всего затвора батюшка служил литургию по праздникам и воскресным дням. Все остальное время уходило на молитву и чтение. К себе никого не принимал за редким исключением. Большую помощь ему в то время оказывала бывшая его односельчанка, — Клавдия Алексеевна, — родители которой в детстве хотели усыновить осиротевшего Михаила, но не смогли. Узнав о батюшке, она переехала в с.Палищи и купила там домик. Она окормлялась у батюшки и делилась с ним своей пенсией и как могла помогала в его тяжелой жизни. Во время затвора о.Михаил исповедовался у о.Петра Чельцова, письменную исповедь к которому привозила Клавдия Алексеевна. После смерти о.Петра, батюшка стал исповедоваться у настоятеля Пятницкой церкви с.Великодворья протоиерея Анатолия Яковина. Последние годы жизни о.Михаил уже не служил, а причащался Св.Дарами, которые привозил ему о.Анатолий