Хиротонисан в Неделю Торжества Православия

В начале августа 1920г. епископ Варнава был переведен в Печерский Вознесенский монастырь в Нижнем Новгороде и стал старшим викарием епархии

С 20 октября 1920г. по март 1921г. находился в отпуске в Зосимовой пустыни. 20 июня 1922г. подписал резолюцию Нижегородского епископата и духовенства о признании обновленческого ВЦУ. Покаялся и понес епитимью, наложенную на него его духовным отцом, Зосимовским старцем Алексием (Соловьевым). 29 сентября 1922г. получил благословение старца Алексия на несение подвига юродства, чтобы не переходить в обновленчество, которое приняло все Нижегородское церковное руководство

Проживал в доме своих духовных чад Р.А. и Е.Г.Карелиных. Несколько раз был арестован, но отпущен без последствий. Написал труд "Основы искусства святости (Опыт изложения православной аскетики)"

Проживал у брата своей послушницы Долгановой Валентины

Из обвинительного заключения:
   "... Проживающим на протяжении ряда лет на нелегальном положении епископом
   Варнавой Беляевым был создан на квартире тайных монашек Долгановых при их
   непосредственном участии нелегальный монастырь, куда Беляевым, иеромонахом
   Нелидовым и тайными монашками Долгановыми вербовалась молодежь и обрабатывалась
   в контрреволюционном духе".
Епископ Варнава был отправлен на строительство Чуйского тракта

В концлагере он от работы отказался. Тогда его отправили в Томскую психиатрическую больницу

Находился в больнице в течение 2-х месяцев

Зимой 1935г. он снова находился в Томской психиатрической больнице

Зимой 1936г. находился в Мариинском ИТЛ. В концлагере у епископа Варнавы открылся дар прозорливости. В марте 1936г. "сумасшедшего епископа" освободили из лагеря и отправили в ссылку

По данным [4] жил в ссылке в Томске с 1936г. по 1941г.