Находился в Рязанской тюрьме во время следствия

Лагерная жизнь была тяжелой и изнурительной, без права переписки. Семья о нем ничего не знала. Матушка Наталья с детьми жила в большой бедности. С большим трудом она устроилась работать уборщицей. Сколько могли, семье батюшки помогали бывшие прихожане. По семейным воспоминаниям, никто уже не надеялся, что о.Иоанн вернется, но каждый день молились о его здравии. В январе 1943г. о.Иоанн из лагеря был переведен в ссылку в Пензенскую обл. Проездом к месту ссылки о.Иоанну удалось увидеться с семьей. Дети его не узнали, настолько он был болен, изможден и измучен

После лагеря о.Иоанн находился в ссылке в с.Хованщино. Там он тайно совершал требы односельчан: причащал, соборовал больных, крестил младенцев. По ходатайству членов семьи в январе 1944г. он был освобожден и вернулся в родные края