О.Николай во время следствия был допрошен шесть раз: 13 и 26 ноября, 8,12,28 и 30 декабря. С двумя свидетелями была поведена очная ставка. К делу были приобщены показания двух секретных осведомителей — учителя и бывшего уголовного заключенного. На допросах о.Николай не отрицал своих слов "о том, что в 1937г. людей сажали в тюрьмы без суда и следствия и в заключении погибло очень много невинных людей", о том, что "в Загорновском колхозе колхозникам жить тяжело, т.к. они на трудодни уже несколько лет ничего не получают, к тому же их обложили такими непосильными налогами, что они продают своих последних коров...".
Однако виновным в антисоветской агитации о.Николай себя не признал. 30 декабря 1949г. следствие было закончено. 31 декабря 1949г. было вынесено обвинительное заключение:
   "...Будучи враждебно настроенным к Советской власти, Харьюзов на протяжении
    1947–1949гг. при исполнении им религиозных обрядов, а также в частных беседах
    со своими знакомыми проводил антисоветскую агитацию
    провокационно-клеветнического характера... Клеветал на советскую действительность
    и условия жительства советского учителя. Высказывал клеветнические измышления
    на коммунистическую партию, на руководителей ВКП(б) и советского правительства,
    на условия трудящихся в Советском Союзе, на колхозный строй. Восхвалял
    условия жизни рабочих в капиталистических странах...
    Кроме того, Харьюзов перед началом учебного года систематически проводил
    специальные молебны для школьников, на которых призывал детей посещать церковь.
    Устраивал церковные службы в период полевых работ в колхозах, тем самым
    отвлекая верующих колхозников от работы...".
Дело было направлено на рассмотрение ОСО при МГБ СССР, которое приговорило о.Николая к 10 годам ИТЛ строгого режима